puzzle picture
1805b: Coronavirus Spike Protein Binder Design
Status: Closed

Summary

Name: 1805b: Coronavirus Spike Protein Binder Design
Status: Closed
Created: 02/27/2020
Points: 100
Expired: 03/05/2020 - 23:00
Difficulty: Intermediate
Description: Note: This puzzle replaces Puzzle 1805, in which some tools were unintentionally disabled. Players may load in solutions from Puzzle 1805.

Design a binder against coronavirus! In late 2019, a new highly-infections virus emerged out of Wuhan, China. This virus belongs to the coronavirus family, and is similar to the virus that caused the SARS epidemic in 2002. Coronaviruses display a "spike" protein on their surface, which binds tightly to a receptor protein found on the surface of human cells. Once the coronavirus spike binds to the human receptor, the virus can infect the human cell and replicate. In recent weeks, researchers have determined the structure of the 2019 coronavirus spike protein and how it binds to human receptors. If we can design a protein that binds to this coronavirus spike protein, it could be used to block the interaction with human cells and halt infection!

In this puzzle, players are presented with the binding site of the coronavirus spike protein. The backbone and most of the sidechains are completely frozen, except for sidechains at the binding site, where the spike protein normally interacts with the human receptor protein. Players can design a new protein that binds to these sidechains, blocking interactions with the human receptor. In order to bind the coronavirus target, designs will need to make lots of contacts and H-bonds with the spike protein at this binding site. But designs will also need to have lots of secondary structure (helices or sheets) and a large core, so that they fold up correctly! See the puzzle comments for Objective details.
Categories: Design, Overall

Top Groups

RankGroupScorePoints
1Go Science16,812100
2Gargleblasters16,74884
3Anthropic Dreams16,56170
4Beta Folders16,53457
5Contenders16,50847

Top Evolvers

Top Soloists

RankPlayerGroupScorePoints
1Bruno Kestemont 2 8 Go Science16,782100
2ZeroLeak7 17 1 Go Science16,756100
3actiasluna 90 2833 Gargleblasters16,748100
4Glen B 90 891  16,66899
5johnmitch 90 11  16,55299


Need this puzzle? Log in to download.  

Comments

bkoep's picture
User offline. Last seen 1 hour 54 min ago. Offline
Joined: 11/15/2012
Groups: Foldit Staff
Objectives

Residue Count (max +550)
Penalizes extra residues inserted beyond the starting 192, at a cost of 55 points per residue. Players may use up to 202 residues in total.

Core Existence (max +2400)
Ensures that at least 28 percent of residues are buried in the core of the monomer unit.

Ideal Loops (max +500)
Penalizes any loop region that does not match one of the Building Blocks in the Blueprint tool. Use "Auto Structures" to see which regions of your protein count as loops.

SS Design (max +500)
Penalizes all CYS residues. Penalizes GLY, ALA residues in sheets. Penalizes GLY, ALA in helices.

Joined: 09/24/2012
Groups: Go Science
7 invalid residues in Corona

For info: we are penalized for 7 invalid residues in the Corina protein. This cannot be changed. The SS design max is 150 (not 500).

Maximum total bonus is 3600 (not 3950)

Maximum number of additional segments is 10, with a maximum total bonus of 3050.

LociOiling's picture
User offline. Last seen 17 hours 55 min ago. Offline
Joined: 12/27/2012
Groups: Beta Folders
chat and wiki

There's a coronavirus chat on 29 February in US timezones. The chat is arranged by joshmiller, and is happening on the new Foldit Discord server. This is a short notice, impromptu chat to discuss a hot new puzzle. Worst case, it's an opportunity to see what Discord offers.

You'll need a free Discord account to participate, and the chat happens 29 February at noon Eastern standard time, 09:00 Pacific standard time, or 1700 UTC/GMT/Zulu on the Foldit server.

There's also a Coronavirus Spike Protein page on the Foldit wiki, still a work in progress.

jeff101's picture
User offline. Last seen 7 hours 44 min ago. Offline
Joined: 04/20/2012
Groups: Go Science
Please record and post the Coronavirus Chat

I won't be able to participate in the Coronavirus Chat on Feb 29. Would it be possible for you to record it and post it online somewhere so I can watch it later? Video, audio, or an all-text transcript would be useful.

Joined: 06/06/2013
Groups: Gargleblasters
record of chat

Like Jeff, I was out of computer reach for Corona chat. Can we get a link for those of us with time management challenges? It would be handy, and we don't say much ;)

Joined: 02/15/2018
Groups: Go Science
This is an exciting puzzle.

This is an exciting puzzle. Thanks for allowing us to design proteins targeting the spike protein.
Is it possible for us to share more than 5 designs with the scientist (For instance 8 or 10 designs) ?

bkoep's picture
User offline. Last seen 1 hour 54 min ago. Offline
Joined: 11/15/2012
Groups: Foldit Staff
Yes!

Please Share with Scientists as many times as you would like for this puzzle! We will definitely take a look!

Joined: 03/03/2020
Groups: None
Can I participate from Android phone

Is this playable on Android phones?

LociOiling's picture
User offline. Last seen 17 hours 55 min ago. Offline
Joined: 12/27/2012
Groups: Beta Folders
Foldit runs on Windows, Mac OS, and Linux

Foldit uses lots of computing power, so it's not available on mobile platforms at present.

Joined: 06/02/2020
Groups: None
sdfghjk

sdfghjk

Joined: 02/01/2021
Groups: None
бурим скважину под воду

Привет друзья
Обустройство скважины
Обустройство скважины – это комплекс земельных и монтажных работ, необходимых для качественного и комфортного пользования чистой водой из только что пробуренной скважины. В результате него долгожданная вода из скважины, наконец, поступает в дом. Процесс требует точных расчетов и тщательной подготовки, которую выполняют специалисты высокой квалификации, дополненной многолетним опытом в этой сфере. При обустройстве скважины компания ” БурТехСервис” ориентируется прежде всего на нужды своего заказчика, помогая выбрать оптимальный вариант, подходящий и по цели, и по цене.
Основные этапы обустройства скважины
Подготовка.
На этом этапе мы с вами уже определившись со способом обустройства скважины, а именно – подобрали соответствующее оборудование (кессон, адаптер либо оголовок). А также приготовили необходимые материалы и инструменты. При выборе способа обустройства скважины специалисты руководствуются следующими данными: глубиной и диаметром скважины, учли расход воды в разных точках участка, протяженность водопроводных труб (длиной трубопровода). Несомненно, правильная подготовка помогает предупредить возникновение возможных проблем в будущем, а также избежать дорогостоящего ремонта.
Прибытие на место монтажа. Оборудование, а также материалы и необходимые инструменты доставляются на Ваш участок.Начинаем с земляных работ. Нами подготавливается котлован при обустройстве кессоном, либо копается приямок для обустройства с адаптером. Траншея выкапывается по необходимости. Глубина при копке должна быть ниже уровня промерзания (1,5-2 метра).Далее обрезаем обсадную трубу на нужной высоте при монтаже кессона. При монтаже адаптера труба не обрезается.После этого устанавливаем кессон, либо делаем врезку в трубу скважинного адаптера.Устанавливаем также в скважину погружной насос.
Специалисты «БурТехСервис» руководствуясь данными из паспорта скважины, подбирают насос. Необходимо учесть следующие данные:
Глубину скважиныУровни воды в статике и динамикеДебит (производительность скважины)Горизонтальный перепад (уклон) высот скважиныРасстояние от самой высокой точки забора воды до уровня земли.Продолжаем монтаж. В кессон опускается и устанавливается оголовок, гидроаккумулятор, система автоматики с реле давления. На участке устанавливают летний поливочный кран.Для прокладки трубопровода к дому ранее уже выкопана траншея. В дом подводят две магистрали: одна водоподающая, вторая – для подводки электрического кабеля от насоса. При необходимости устанавливаем греющий кабель.После всех работ выполняем подключение оборудования к электричеству. Обязательно проводится проверка работы систем автоматики.Обустройство скважины завершено!

Joined: 02/01/2021
Groups: None
бурим скважину под воду

Привет друзья
Обустройство скважины
Обустройство скважины – это комплекс земельных и монтажных работ, необходимых для качественного и комфортного пользования чистой водой из только что пробуренной скважины. В результате него долгожданная вода из скважины, наконец, поступает в дом. Процесс требует точных расчетов и тщательной подготовки, которую выполняют специалисты высокой квалификации, дополненной многолетним опытом в этой сфере. При обустройстве скважины компания ” БурТехСервис” ориентируется прежде всего на нужды своего заказчика, помогая выбрать оптимальный вариант, подходящий и по цели, и по цене.
Основные этапы обустройства скважины
Подготовка.
На этом этапе мы с вами уже определившись со способом обустройства скважины, а именно – подобрали соответствующее оборудование (кессон, адаптер либо оголовок). А также приготовили необходимые материалы и инструменты. При выборе способа обустройства скважины специалисты руководствуются следующими данными: глубиной и диаметром скважины, учли расход воды в разных точках участка, протяженность водопроводных труб (длиной трубопровода). Несомненно, правильная подготовка помогает предупредить возникновение возможных проблем в будущем, а также избежать дорогостоящего ремонта.
Прибытие на место монтажа. Оборудование, а также материалы и необходимые инструменты доставляются на Ваш участок.Начинаем с земляных работ. Нами подготавливается котлован при обустройстве кессоном, либо копается приямок для обустройства с адаптером. Траншея выкапывается по необходимости. Глубина при копке должна быть ниже уровня промерзания (1,5-2 метра).Далее обрезаем обсадную трубу на нужной высоте при монтаже кессона. При монтаже адаптера труба не обрезается.После этого устанавливаем кессон, либо делаем врезку в трубу скважинного адаптера.Устанавливаем также в скважину погружной насос.
Специалисты «БурТехСервис» руководствуясь данными из паспорта скважины, подбирают насос. Необходимо учесть следующие данные:
Глубину скважиныУровни воды в статике и динамикеДебит (производительность скважины)Горизонтальный перепад (уклон) высот скважиныРасстояние от самой высокой точки забора воды до уровня земли.Продолжаем монтаж. В кессон опускается и устанавливается оголовок, гидроаккумулятор, система автоматики с реле давления. На участке устанавливают летний поливочный кран.Для прокладки трубопровода к дому ранее уже выкопана траншея. В дом подводят две магистрали: одна водоподающая, вторая – для подводки электрического кабеля от насоса. При необходимости устанавливаем греющий кабель.После всех работ выполняем подключение оборудования к электричеству. Обязательно проводится проверка работы систем автоматики.Обустройство скважины завершено!

User login
Download links:
  Windows    OSX    Linux  
Windows
(7/8/10)
OSX
(10.12 or later)
Linux
(64-bit)

Are you new to Foldit? Click here.

Are you a student? Click here.

Are you an educator? Click here.
Social Media


Search
Only search fold.it
Other Games: Mozak
Recommend Foldit
Topics
Top New Users
Sitemap

Developed by: UW Center for Game Science, UW Institute for Protein Design, Northeastern University, Vanderbilt University Meiler Lab, UC Davis
Supported by: DARPA, NSF, NIH, HHMI, Amazon, Microsoft, Adobe, RosettaCommons