puzzle picture
1805b: Coronavirus Spike Protein Binder Design
Status: Closed

Summary

Name: 1805b: Coronavirus Spike Protein Binder Design
Status: Closed
Created: 02/27/2020
Points: 100
Expired: 03/05/2020 - 23:00
Difficulty: Intermediate
Description: Note: This puzzle replaces Puzzle 1805, in which some tools were unintentionally disabled. Players may load in solutions from Puzzle 1805.

Design a binder against coronavirus! In late 2019, a new highly-infections virus emerged out of Wuhan, China. This virus belongs to the coronavirus family, and is similar to the virus that caused the SARS epidemic in 2002. Coronaviruses display a "spike" protein on their surface, which binds tightly to a receptor protein found on the surface of human cells. Once the coronavirus spike binds to the human receptor, the virus can infect the human cell and replicate. In recent weeks, researchers have determined the structure of the 2019 coronavirus spike protein and how it binds to human receptors. If we can design a protein that binds to this coronavirus spike protein, it could be used to block the interaction with human cells and halt infection!

In this puzzle, players are presented with the binding site of the coronavirus spike protein. The backbone and most of the sidechains are completely frozen, except for sidechains at the binding site, where the spike protein normally interacts with the human receptor protein. Players can design a new protein that binds to these sidechains, blocking interactions with the human receptor. In order to bind the coronavirus target, designs will need to make lots of contacts and H-bonds with the spike protein at this binding site. But designs will also need to have lots of secondary structure (helices or sheets) and a large core, so that they fold up correctly! See the puzzle comments for Objective details.
Categories: Design, Overall

Top Groups

RankGroupScorePoints
1Go Science16,812100
2Gargleblasters16,74884
3Anthropic Dreams16,56170
4Beta Folders16,53457
5Contenders16,50847

Top Evolvers

Top Soloists

RankPlayerGroupScorePoints
1Bruno Kestemont 3 4 Go Science16,782100
2ZeroLeak7 70 64 Go Science16,756100
3actiasluna 70 1859 Gargleblasters16,748100
4Glen B 70 1859  16,66899
5johnmitch 70 13  16,55299


Need this puzzle? Log in to download.  

Comments

bkoep's picture
User offline. Last seen 21 min 29 sec ago. Offline
Joined: 11/15/2012
Groups: Foldit Staff
Objectives

Residue Count (max +550)
Penalizes extra residues inserted beyond the starting 192, at a cost of 55 points per residue. Players may use up to 202 residues in total.

Core Existence (max +2400)
Ensures that at least 28 percent of residues are buried in the core of the monomer unit.

Ideal Loops (max +500)
Penalizes any loop region that does not match one of the Building Blocks in the Blueprint tool. Use "Auto Structures" to see which regions of your protein count as loops.

SS Design (max +500)
Penalizes all CYS residues. Penalizes GLY, ALA residues in sheets. Penalizes GLY, ALA in helices.

Joined: 03/21/2021
Groups: None
Where is Administration fold.it ??

Can I contact Administration?
I'ts important.
Regards.

Joined: 01/27/2021
Groups: None
Where is Administration fold.it ??

Where is administration?
It is about advertisement on your website.
Regards.

Joined: 09/24/2012
Groups: Go Science
7 invalid residues in Corona

For info: we are penalized for 7 invalid residues in the Corina protein. This cannot be changed. The SS design max is 150 (not 500).

Maximum total bonus is 3600 (not 3950)

Maximum number of additional segments is 10, with a maximum total bonus of 3050.

LociOiling's picture
User offline. Last seen 55 min 6 sec ago. Offline
Joined: 12/27/2012
Groups: Beta Folders
chat and wiki

There's a coronavirus chat on 29 February in US timezones. The chat is arranged by joshmiller, and is happening on the new Foldit Discord server. This is a short notice, impromptu chat to discuss a hot new puzzle. Worst case, it's an opportunity to see what Discord offers.

You'll need a free Discord account to participate, and the chat happens 29 February at noon Eastern standard time, 09:00 Pacific standard time, or 1700 UTC/GMT/Zulu on the Foldit server.

There's also a Coronavirus Spike Protein page on the Foldit wiki, still a work in progress.

jeff101's picture
User offline. Last seen 7 hours 17 min ago. Offline
Joined: 04/20/2012
Groups: Go Science
Please record and post the Coronavirus Chat

I won't be able to participate in the Coronavirus Chat on Feb 29. Would it be possible for you to record it and post it online somewhere so I can watch it later? Video, audio, or an all-text transcript would be useful.

Joined: 06/06/2013
Groups: Gargleblasters
record of chat

Like Jeff, I was out of computer reach for Corona chat. Can we get a link for those of us with time management challenges? It would be handy, and we don't say much ;)

Joined: 02/15/2018
Groups: Go Science
This is an exciting puzzle.

This is an exciting puzzle. Thanks for allowing us to design proteins targeting the spike protein.
Is it possible for us to share more than 5 designs with the scientist (For instance 8 or 10 designs) ?

bkoep's picture
User offline. Last seen 21 min 29 sec ago. Offline
Joined: 11/15/2012
Groups: Foldit Staff
Yes!

Please Share with Scientists as many times as you would like for this puzzle! We will definitely take a look!

Joined: 03/03/2020
Groups: None
Can I participate from Android phone

Is this playable on Android phones?

LociOiling's picture
User offline. Last seen 55 min 6 sec ago. Offline
Joined: 12/27/2012
Groups: Beta Folders
Foldit runs on Windows, Mac OS, and Linux

Foldit uses lots of computing power, so it's not available on mobile platforms at present.

Joined: 06/02/2020
Groups: None
sdfghjk

sdfghjk

Joined: 09/24/2012
Groups: Go Science
Scientists evaluation of results here
Joined: 06/14/2021
Groups: None
обустройство скважины на воду цена

Доброго времени суток дамы и господа
Отзывы по бурению и обустройству скважин Алексей Скважина бурилась в д. Новоселье Минской области. Все работы выполнялись на профессиональном уровне, в то же время оперативно. Выражаю огромную благодарность бригаде бурильщиков и вашей компании, что так все организовали. Если спросят, обязательно посоветую вас своим родственникам и знакомым.
26.11.2019г.
Ирина
Огромное спасибо бригаде Е. Дубовика за проделанную работу. Пробурили скважину в поселке Дружный (Минская область, пос. Дружный, ул. Мира, дом 6). Нареканий нет. Всем довольны.
30.08.2019г.
Дмитрий, д. Копище
Бурение нашей скважины выполнено со знанием дела, обустройство на адаптер проведено аккуратно. Спасибо буровой бригаде БурТехСервис за их опытность и мастерство во главе с Дубовиком Е.В.
21.08.2019г.
Елена
Здравствуйте. Пару месяцев назад обращалась сюда по поводу бурения на воду. Специалисты здесь очень вежливые, а главное со знанием дела ответили на мои вопросы. Теперь мы занялись обустройством скважины, обратились сюда же. Все отлично, кессон установлен, работает исправно. Радует, что гарантию здесь выдают не на год, а на целых 5 лет. Спасибо БурТехСервис, что не разочаровываете. Я вас уже порекомендовала своим родственникам. Советский район, ул. Сурганова, д.18.
25.06.2019г.
Юрий
Добрый день. В этом месяце-апреле решил обратиться в компанию "БурТехСервис" за скважиной и обустройством к ней. Нахожусь в деревне Осово, что в Солигорске. Пробурили за несколько часов. Работают аккуратно и со знанием технологического процесса. На свои вопросы получил внятные ответы. Оборудование на мой участок все поместилось. Никаких проблем не возникло с въездом и выездом. Сегодня выполнено обустройство скважины. Поставили кессон, гидроаккумулятор, и вот летний поливочный кран. Работа спорилась. Пообщался с ребятами. Рекомендую воспользоваться услугами данной компании "БурТехСервис", ответили на мои вопросы, дали рекомендации относительно крана. Желаю вам побольше пробурить земельных участков! Спасибо.
25.04.2019г.
Сергей
Понравилось сотрудничество с вашей компанией. Решил и я написать отзыв. Ребята хорошо организованные. Знают свою работу. По моей скважине все выполнено по договору в срок. Результат работы - чистая вода. Обустроили тоже аккуратно. В скором времени планирую обратиться сюда за канализацией. От себя лично ребятам желаю крепкого здоровья и процветания.
11.04.2019г.
Михаил
Выражаю благодарность по бурению скважины. Уложились в 2 дня. Сделали мне небольшую скидку на кессон при обустройстве, что приятно. Спасибо.
01.04.2019г.
Людмила
И я хочу выразить благодарность сотрудникам компании БурТехСервис. Обратился сюда по совету своего соседа. Евгений и его бригада толковые парни. Пробурили и обустроили мне скважину. Сразу ясно, не первый год работают. Понравилась увлеченность ребят своим делом, молодые, крепкие. Так держать! Успехов в вашей непростой профессии.
15.02.2019г.
Кирилл
Задумали отмечать Новый год на даче в кругу семьи. Имеющаяся скважина была старая, воды почти не было. Поэтому в срочном порядке пришлось обращаться за услугой по бурению новой скважины. Выбрал компанию "БурТехСервис". Дом у нас в деревне Молоди. Очень доволен оперативной работой, даже раньше запланированного. Спасли нам Новый год. Сегодня 30 декабря 2018 года, и мы сможем отметить Новый год на даче, со всеми удобствами, а главное - водой. Спасибо!
30.12.2018г.
Сергей
Хочу положительно отметить специалистов компании БурТехСервис, организовали и провели бурение скважины д. Валерьяново. Бригада Евгения настоящие мастера своего дела. Очень рад, что сделал правильный выбор, обратившись в эту компанию. Обращайтесь в БурТехСервис. Канализацию тут собираюсь устанавливать. Уже знаю, куда буду звонить). Удачи и спасибо.
17.12.2018г.
Дмитрий
Встал вопрос обустройства скважины, воды. Обратился в "БурТехСервис". Ребята все сделали качественно, в срок. На высшем уровне. Приятный сервис. Оценил дельные советы по эксплуатации моей скважины. Спасибо. Претензий ни каких не имею. Вода получилась чистая, без запаха, без всего, буду советовать друзьям и сам обращаться в случае чего.
24.09.2018г.
Сергей
Хочу сказать спасибо компании за скважину. Рекомендую, цены адекватные, качество на высоте, самое то! ?? В планах по весне обустройство. Сергей, из деревни Мядель.
24.10.2018г.
Владислав
Выбрали БурТехСервис. По телефону оператор объяснил, как будет все происходить, договорились, назначили время. В назначенное время приехала бригада. Подготовили все для бурения, соорудили скважину.Сработали четко без заминки. Через день договорились обустроить скважину. Все прошло замечательно. Ребята работали почти без перерывов. Обустройство велось в самый короткий день года-22 декабря, кроме того шел дождь.Работать было непросто. Спасибо им за самоотверженный труд.
23.12.2018г.
Елена
Бурили скважину и устанавливали кессон в декабре 2019 года, Минск,Березово. Цену и срок выполнения заранее оговорили. Все работает исправно. Пока что скважина используется мало - завершаем строительство дома.
28.12.2018г.
Юрий
Пробурили и оснастили скважину. Участок у нас уже обжитый, поэтому прошло без проблем. Бригада сработала профессионально. Разговоры только по делу. По поводу эксплуатации объяснили, дали пару советов. Ребята настроены доброжелательно. Спасибо за сотрудничество.Обращайтесь, не сомневайтесь, все покажут и расскажут!
15.02.2018г.
Сергей
Заказал обустройство скважины в БурТехСервис. Спасибо Вам, ребята. Работа проделана великолепно, цены на материалы и само обустройство порадовали. Оказались даже ниже, чем у других компаний.
18.03.2018г.
Игорь
У меня появилась проблема со скважиной - стало мало воды. Созвонился, приехали в удобное для меня время. Работа заняла всего пару часов. Теперь вода подается без проблем. Спасибо!
02.04.2018г.
Людмила
Хочу поблагодарить компанию БурТехСервис за организацию бурения и обустройства на нашем участке в Ромашково. Весной обязательно обратимся за канализацией. Все сделано хорошо, ребята постарались. Спасибо.
05.05.2018г.
Анна
Добрый день! Буквально на днях нам пробурили скважину специалисты данной компании. Результат превзошел все ожидания. Качество, грамотность. Очень вежливые сотрудники и рабочие. Спасибо вам!
30.05.2018г.
Сергей, Анастасия
Благодарим бригаду с Евгением во главе за качественную работы, внимательность к деталям. Мы заказывали на 10 июля 2018 г. обустройство скважины. Только положительные эмоции от сотрудничества. Анастасия, Сергей, Московский р-н.
17.07.2018г.
Дмитрий
День добрый. Хочу сказать спасибо компании БурТехСервис и лично Евгению. Обустроили мне скважину с кессоном в д.Богатырево. Работа проделана прекрасно. Цены приемлемые. Рекомендую!
23.07.2018г.

Joined: 06/14/2021
Groups: None
обустройство скважины на воду цена

Доброго времени суток дамы и господа
Отзывы по бурению и обустройству скважин Алексей Скважина бурилась в д. Новоселье Минской области. Все работы выполнялись на профессиональном уровне, в то же время оперативно. Выражаю огромную благодарность бригаде бурильщиков и вашей компании, что так все организовали. Если спросят, обязательно посоветую вас своим родственникам и знакомым.
26.11.2019г.
Ирина
Огромное спасибо бригаде Е. Дубовика за проделанную работу. Пробурили скважину в поселке Дружный (Минская область, пос. Дружный, ул. Мира, дом 6). Нареканий нет. Всем довольны.
30.08.2019г.
Дмитрий, д. Копище
Бурение нашей скважины выполнено со знанием дела, обустройство на адаптер проведено аккуратно. Спасибо буровой бригаде БурТехСервис за их опытность и мастерство во главе с Дубовиком Е.В.
21.08.2019г.
Елена
Здравствуйте. Пару месяцев назад обращалась сюда по поводу бурения на воду. Специалисты здесь очень вежливые, а главное со знанием дела ответили на мои вопросы. Теперь мы занялись обустройством скважины, обратились сюда же. Все отлично, кессон установлен, работает исправно. Радует, что гарантию здесь выдают не на год, а на целых 5 лет. Спасибо БурТехСервис, что не разочаровываете. Я вас уже порекомендовала своим родственникам. Советский район, ул. Сурганова, д.18.
25.06.2019г.
Юрий
Добрый день. В этом месяце-апреле решил обратиться в компанию "БурТехСервис" за скважиной и обустройством к ней. Нахожусь в деревне Осово, что в Солигорске. Пробурили за несколько часов. Работают аккуратно и со знанием технологического процесса. На свои вопросы получил внятные ответы. Оборудование на мой участок все поместилось. Никаких проблем не возникло с въездом и выездом. Сегодня выполнено обустройство скважины. Поставили кессон, гидроаккумулятор, и вот летний поливочный кран. Работа спорилась. Пообщался с ребятами. Рекомендую воспользоваться услугами данной компании "БурТехСервис", ответили на мои вопросы, дали рекомендации относительно крана. Желаю вам побольше пробурить земельных участков! Спасибо.
25.04.2019г.
Сергей
Понравилось сотрудничество с вашей компанией. Решил и я написать отзыв. Ребята хорошо организованные. Знают свою работу. По моей скважине все выполнено по договору в срок. Результат работы - чистая вода. Обустроили тоже аккуратно. В скором времени планирую обратиться сюда за канализацией. От себя лично ребятам желаю крепкого здоровья и процветания.
11.04.2019г.
Михаил
Выражаю благодарность по бурению скважины. Уложились в 2 дня. Сделали мне небольшую скидку на кессон при обустройстве, что приятно. Спасибо.
01.04.2019г.
Людмила
И я хочу выразить благодарность сотрудникам компании БурТехСервис. Обратился сюда по совету своего соседа. Евгений и его бригада толковые парни. Пробурили и обустроили мне скважину. Сразу ясно, не первый год работают. Понравилась увлеченность ребят своим делом, молодые, крепкие. Так держать! Успехов в вашей непростой профессии.
15.02.2019г.
Кирилл
Задумали отмечать Новый год на даче в кругу семьи. Имеющаяся скважина была старая, воды почти не было. Поэтому в срочном порядке пришлось обращаться за услугой по бурению новой скважины. Выбрал компанию "БурТехСервис". Дом у нас в деревне Молоди. Очень доволен оперативной работой, даже раньше запланированного. Спасли нам Новый год. Сегодня 30 декабря 2018 года, и мы сможем отметить Новый год на даче, со всеми удобствами, а главное - водой. Спасибо!
30.12.2018г.
Сергей
Хочу положительно отметить специалистов компании БурТехСервис, организовали и провели бурение скважины д. Валерьяново. Бригада Евгения настоящие мастера своего дела. Очень рад, что сделал правильный выбор, обратившись в эту компанию. Обращайтесь в БурТехСервис. Канализацию тут собираюсь устанавливать. Уже знаю, куда буду звонить). Удачи и спасибо.
17.12.2018г.
Дмитрий
Встал вопрос обустройства скважины, воды. Обратился в "БурТехСервис". Ребята все сделали качественно, в срок. На высшем уровне. Приятный сервис. Оценил дельные советы по эксплуатации моей скважины. Спасибо. Претензий ни каких не имею. Вода получилась чистая, без запаха, без всего, буду советовать друзьям и сам обращаться в случае чего.
24.09.2018г.
Сергей
Хочу сказать спасибо компании за скважину. Рекомендую, цены адекватные, качество на высоте, самое то! ?? В планах по весне обустройство. Сергей, из деревни Мядель.
24.10.2018г.
Владислав
Выбрали БурТехСервис. По телефону оператор объяснил, как будет все происходить, договорились, назначили время. В назначенное время приехала бригада. Подготовили все для бурения, соорудили скважину.Сработали четко без заминки. Через день договорились обустроить скважину. Все прошло замечательно. Ребята работали почти без перерывов. Обустройство велось в самый короткий день года-22 декабря, кроме того шел дождь.Работать было непросто. Спасибо им за самоотверженный труд.
23.12.2018г.
Елена
Бурили скважину и устанавливали кессон в декабре 2019 года, Минск,Березово. Цену и срок выполнения заранее оговорили. Все работает исправно. Пока что скважина используется мало - завершаем строительство дома.
28.12.2018г.
Юрий
Пробурили и оснастили скважину. Участок у нас уже обжитый, поэтому прошло без проблем. Бригада сработала профессионально. Разговоры только по делу. По поводу эксплуатации объяснили, дали пару советов. Ребята настроены доброжелательно. Спасибо за сотрудничество.Обращайтесь, не сомневайтесь, все покажут и расскажут!
15.02.2018г.
Сергей
Заказал обустройство скважины в БурТехСервис. Спасибо Вам, ребята. Работа проделана великолепно, цены на материалы и само обустройство порадовали. Оказались даже ниже, чем у других компаний.
18.03.2018г.
Игорь
У меня появилась проблема со скважиной - стало мало воды. Созвонился, приехали в удобное для меня время. Работа заняла всего пару часов. Теперь вода подается без проблем. Спасибо!
02.04.2018г.
Людмила
Хочу поблагодарить компанию БурТехСервис за организацию бурения и обустройства на нашем участке в Ромашково. Весной обязательно обратимся за канализацией. Все сделано хорошо, ребята постарались. Спасибо.
05.05.2018г.
Анна
Добрый день! Буквально на днях нам пробурили скважину специалисты данной компании. Результат превзошел все ожидания. Качество, грамотность. Очень вежливые сотрудники и рабочие. Спасибо вам!
30.05.2018г.
Сергей, Анастасия
Благодарим бригаду с Евгением во главе за качественную работы, внимательность к деталям. Мы заказывали на 10 июля 2018 г. обустройство скважины. Только положительные эмоции от сотрудничества. Анастасия, Сергей, Московский р-н.
17.07.2018г.
Дмитрий
День добрый. Хочу сказать спасибо компании БурТехСервис и лично Евгению. Обустроили мне скважину с кессоном в д.Богатырево. Работа проделана прекрасно. Цены приемлемые. Рекомендую!
23.07.2018г.

Joined: 03/21/2021
Groups: None
Where is Administration fold.it ??

Can I contact Administration?
I'ts important.
Regards.

Joined: 01/27/2021
Groups: None
Where is Administration fold.it ??

Where is administration?
It is about advertisement on your website.
Regards.

User login
Download links:
  Windows    OSX    Linux  
Windows
(7/8/10)
OSX
(10.12 or later)
Linux
(64-bit)

Are you new to Foldit? Click here.

Are you a student? Click here.

Are you an educator? Click here.
Social Media


Search
Only search fold.it
Other Games: Mozak
Recommend Foldit
Topics
Top New Users
Sitemap

Developed by: UW Center for Game Science, UW Institute for Protein Design, Northeastern University, Vanderbilt University Meiler Lab, UC Davis
Supported by: DARPA, NSF, NIH, HHMI, Amazon, Microsoft, Adobe, Boehringer Ingelheim, RosettaCommons